Myśli o utworzeniu parafii zaczęły się na początku lat osiemdziesiątych XX wieku u bpa Jana Obłąka, ordynariusza diecezji warmińskiej. W roku 1983 zwrócił się On z prośbą do Inspektora Inspektorii Warszawskiej św. Stanisława Kostki ks. Wojciecha Szulczyńskiego SDB o zapoczątkowanie dzieła salezjańskiego w Ełku i podjęcie pracy duszpasterskiej. W związku z tym z diecezjalnej parafii pw. św. Wojciecha Biskupa i Męczennika został wydzielony teren na budującym się osiedlu Jeziorna. W piśmie kurii biskupiej diecezji warmińskiej z dnia 28 grudnia 1983 roku do Wydziału do Spraw Wyznań Urzędu Wojewódzkiego w Suwałkach bp warmiński informuje, że zamierza erygować nową rzymskokatolicką parafię pw. bł. Rafała Kalinowskiego. 6 stycznia 1984 roku ks. Henryk Korzeniowski SDB otrzymał nominację na organizatora placówki salezjańskiej i zapoczątkowanie dzieła św. Jana Bosko w Ełku z rąk nowego inspektora księdza Zdzisława Wedera SDB.
20 listopada 1985 roku w liturgiczne wspomnienie św. Rafała Kalinowskiego w obecności 32 kapłanów ksiądz inspektor inspektorii warszawskiej dokonał poświęcenia domu pw. Miłosierdzia Bożego.
29 października 1986 roku Rada Miasta Ełku wskazała lokalizację na budowę kościoła na osiedlu Jeziorna. Koniec roku 1986 mógł napawać optymizmem, gdyż 8 grudnia dekretem Administratora Apostolskiego w Olsztynie bpa Edmunda Piszcza zostało wydane zezwolenie na budowę kościoła wraz z budynkami administracyjnymi i mieszkalnymi na osiedlu Ełk-Szyba.
1 września 1988 to bardzo ważna data w historii całej parafii. Tego dnia dekretem Administratora Apostolskiego Diecezji Warmińskiej w Olsztynie bpa Edmunda Piszcza została erygowana parafia pw. bł. Rafała Kalinowskiego w Ełku. Nowo utworzona parafia zostaje powierzona na stałe salezjanom. Dekret wszedł w życie 1 października 1988 roku. Jako kandydata na proboszcza nowo utworzonej parafii Inspektor Towarzystwa Salezjańskiego zaproponował ks. Henryka Korzeniowskiego, który w tym czasie był przełożonym domu salezjańskiego.
Ówczesny ks. Inspektor Zdzisław Weder SDB, na wieść o dekrecie w kronice Domu zakonnego napisał: „Naszą odpowiedzią na wiadomość o utworzeniu parafii jest dziękczynienie Bogu za Jego dobroć, wdzięczność księdzu Bp. Edmundowi Piszczowi, i radość miejscowych współbraci i całej inspektorii. Radość wreszcie ludzi, którzy tu mieszkają i który dużo pracy włożyli w budowanie wspólnoty parafialnej”.
Po poświeceniu placu pod budowę i instalacji krzyża ks. inspektor Zdzisław Weder SDB w kronice napisał. „Niech ten święty Znak Krzyża odciśnie się w świadomości wszystkich, którzy tę wspólnotę parafialną tworzą, jako znak wiary, wskazujący drogę ku Bogu, niech wiąże ludzi z Panem naszym Jezusem Chrystusem, a przez niego z Ojcem”.
Tydzień po uroczystościach kanonizacyjnych św. Rafała Kalinowskiego 24 listopada 1991 roku uroczyście przeniesiono relikwie świętego patrona z dotychczasowej tymczasowej kaplicy w tartaku do nowo wybudowanej, bocznej kaplicy przyszłego kościoła. Był to początek sprawowania Najświętszej Ofiary i nabożeństw w nowej kaplicy.
10 lat po erygowaniu parafii 27 września 1998 roku ordynariusz diecezji ełckiej bp Wojciech Ziemba uroczyście wmurował kamień węgielny, który poświecił Papież Jan Paweł II 06 czerwca 1991 roku i złożył akt erekcyjny w kościele. Wtedy też została odprawiona pierwsza msza święta w nowej świątyni. Wszystko dokonywało się w warunkach polowych i budowlanych.
8 czerwca 1999 roku to dla parafii szczególna radość i zaszczyt. Ojciec Święty Jan Paweł II w drodze powrotnej po celebracji mszy świętej dokonał poświęcenia i pobłogosławienia tego kościoła.
21 października 2001 roku bp Edward Samsel dokonał uroczystego wmurowania kamienia węgielnego oraz pobłogosławienia Domu Zakonnego i Oratorium Salezjanów.
Ks. Bp Edward Samuel powiedział w czasie tej uroczystości: „150 lat temu Jan Bosko błąkając się po Turynie szukał miejsca, w którym mógłby przywracać młodym ludziom radość życia. Dzisiaj w Ełku nie musimy szukać takiego miejsca. Ono właśnie powstaje, dzięki pracy i zaangażowaniu pracujących tu salezjanów”.
Ks. Zbigniew Dziedzic ówczesny proboszcz stwierdził: „Już niedługo dzieci nie będą spędzały wolnego czasu na klatkach schodowych”.
Pożar
Z 25 na 26 listopada 1989 roku w okolicach godziny pierwszej w nocy wybuchł pożar w kaplicy. Ks. Stanisław śpiący kolejną noc w tej kaplicy został obudzony przez przypadek. Odgłos przejeżdżającego motocyklu, na którym jechał niedaleko kaplicy motocyklista był tak głośny, że budowniczy kościoła oprócz przebudzenia zobaczył, że płonie kaplica. Działo się to wszystko w okolicy godziny pierwszej w nocy. Ks. Stanisław Kutwiński SDB natychmiast wziął to co miał pod ręką i uciekł z tejże kaplicy, nie doznając uszczerbku na zdrowiu. Ks. Henryk Korzeniowski SDB, ówczesny dyrektor przyjechawszy na miejsce zdarzenia myślał, że ks. Stanisław został w kaplicy w momencie pożaru. Uważał tak, ponieważ w chwili gaszenia pożaru kaplicy nikt nie mógł odnaleźć księdza Stanisława.
Nie wypada pominąć informacji, którą ustaliła Straż Pożarna, a mianowicie, że w miejscu w kaplicy, gdzie pożar w kaplicy trwał najdłużej znajdował się drewniany krzyż. Po dogaszeniu wszystkich zgliszczy ten krzyż został odnaleziony w stanie nietkniętym skutkami pożaru. Delikatnie zmienił swój kolor, ale nie spłonął od ognia, który strawił całą kaplicę.
W 2012 r. w kościele została zbudowana ściana ołtarzowa przedstawiająca scenę Przemienienia Pańskiego na Górze Tabor. Na sklepieniu świątyni wykonano freski wyobrażające: w centralnej części – życie i działalność Jezusa, po bokach widoczne są sceny ewangeliczne.
Dzięki hojności wiernych sukcesywnie powstawały piękne witraże. Położono granitową posadzkę. Odrestaurowano też stare ławki. Zmienił się całkowicie wystrój prezbiterium.
Przy świątyni powstały nowoczesne boiska sportowe, które jesienią 2012 r. zostały oddane do użytku. Teren przy kościele jest uporządkowany i ogrodzony. Zostały zamontowane place zabaw i siłowni zewnętrza. Ostatnim akcentem była budowa hali sportowej.
Ważne daty z życia parafii
1983 – prośba bp Jana Obłąka, do salezjanów o podjęcie pracy duszpasterskiej w Ełku
01 września 1988 – Dekret erygujący parafię pw. bł. Rafała Kalinowskiego
06 czerwca 1991 – Poświęcenie kamienia węgielnego przez Jana Pawła II
08 czerwca 1999 – Poświęcenie budującego się kościoła przez Papieża Jana Pawła II w czasie pielgrzymki do Ełku.
12/13 września 2007 – Peregrynacja św. Dominika Savio
29/30 maja 2013 – Peregrynacja relikwii św. Jana Bosko
13 czerwca 2021 – Konsekracja kościoła pw. św. Rafała Kalinowskiego
Proboszczowie:
ks. Henryk Korzeniowski SDB – 1988 – 1991
ks. Stanisław Kutwiński SDB – 1991- 1997
ks. Jerzy Walo SDB – 1997- 2000
ks. Zbigniew Dziedzic SDB – 2000 – 2006
ks. Stanisław Marczak SDB – 2006 – 2009
ks. Tadeusz Jarecki SDB – 2009 – 2019
Obecnie proboszczem jest ks. Marcin Koncewicz SDB.